La Fundación Ernesto Meneses Morales, SJ., AC fue creada el 28 de abril de 1999 como una institución no lucrativa por Ernesto Meneses Morales, SJ., ex rector de la UIA, junto con varios miembros de esta comunidad muy allegados a él.
Se plantearon entonces varios objetivos de carácter social, educativo y de investigación, esfuerzos que permean a través de las instituciones que actualmente apoyamos. Se fundó con la MISIÓN de: promover el desarrollo humano, sobretodo de las personas más necesitadas, por medio de actividades educativas, culturales, científicas, asistenciales y de salud.